조세심판원의 심판청구 처리가 법정처리기간인 90일 이내로 처리되지 않고 평균 157일이상이 소요되고 있다는 사실이 밝혀졌다. 김종훈 국회의원(새누리당. 서울 강남을)이 조세심판원으로부터 제출받은 자료에 따르면 조세심판원의 심판청구 처리기간이 2013년 6월 기준으로 평균처리 기간이 157일이나 되어 법정처리기간보다 72일이나 초과되고 있는 것으로 밝혀졌다.
 종목별로 보면 국세 중에서는 법인세가 312일로 가장 길고, 종합소득세가 193일 소요되는 것으로 나타났고, 지방세는 154일 정도 기간이 소요되는 것으로 나타났다. 그리고 조세심판원에서 처리한 사건 중 최장시간으로 소요된 사건들을 보면 09년 1,771일, 10년 1,902일, 11년 1,302일, 12년 1,560일, 13.8월 1,213일이나 소요된 것으로 나타나 문제는 심각한 것으로 파악됐다.
 심판청구에 대한 처리기간이 지연되는 주이유는 조세심판관회의에 상정하는 회의자료에 대한 준비기간이 절대적으로 부족하기 때문인 것으로 나타났다. 사건조사서를 담당하는 사무관은 60명인데 2012년 기준으로 담당사건조사 담당 현황을 보면 1인당 1년에 107건, 1달에 9건, 1주에 두건씩 사건조사서를 작성해야 하기 때문에 시간 및 인원 부족을 호소하고 있다. 이에 따라 평균처리기간 성과 목표를 오히려 현 150일에서 170일로 상향 조정하기까지 이르러 국민들의 불편을 가중시키고 있다고 밝혔다. 국세 기본법 제 65조에 의하면 심사청구에 대한 결정은 90일 이내에 하게 되어있으며 조세심판원의 심판청구에도 준용하도록 규정하고 있다.